Η Αξιολόγηση Εκπαιδευτικού Έργου (ΑΕΕ) συνιστά βασικό δομικό συστατικό του σχολείου ΟΚΜ και επιδιώκει την αλλαγή δομών, διαδικασιών, σχέσεων και κουλτούρας στο σχολείο.
Ο μετασχηματισμός ενός τυπικού σχολείου σε σχολείο ΟΚΜ θεμελιώνεται πάνω στην ΑΕΕ κι εξελίσσεται μέσω αυτής, καθώς η σχολική βελτίωση είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την αξιολόγηση του εκπαιδευτικού έργου και με την ικανότητα της σχολικής μονάδας να διαπιστώνει δυνατότητες και αδυναμίες, να αναπροσαρμόζεται, να μετασχηματίζεται και να αλλάζει.
Η εφαρμογή της ΑΕΕ και η αξιοποίηση των μεθοδολογικών της εργαλείων αποτελεί για το σχολείο ουσιαστική διαδικασία μετασχηματιστικής μάθησης και όχημα επίτευξης του οράματός του. Συστηματοποιεί κι ελέγχει εσωτερικά την πορεία του σχολείου προς τους στόχους του και το βοηθά να βελτιώνει διαρκώς την ποιότητα του έργου που παρέχει. Η αυτοαξιολόγηση του σχολείου δεν έχει συγκριτικό χαρακτήρα με άλλα σχολεία, αλλά αποσκοπεί στην κριτική ανατροφοδότηση και βελτίωση του έργου της σχολικής μονάδας, μέσα από ένα κλίμα συνεργασίας, συνευθύνης και αυτοδέσμευσης όλων των μελών της.